倒置荧光显微镜特点是激发光从物镜向下落射到标本表面，即用同一物镜作为照明聚光器和收集荧光的物镜。光路中需加上一个双色束分离器，它与光铀呈45°角，激发光被反射到物镜中，并聚集在样品上，样品所产生的荧光以及由物镜透镜表面、盖玻片表面反射的激发光同时进入物镜，反回到双色束分离器，使激发光和荧光分开，残余激发光再被阻断滤片吸收。如换用不同的激发滤片/双色束分离器/阻断滤片的组合插块，可满足不同荧光反应产物的需要。此种荧光显微镜的优点是视野照明均匀，成像清晰，放大倍数愈大荧光愈强。
倒置显微镜具有在培养瓶或培养皿内进行显微观察的特点；可以观察不经染色的透明活体；落射荧光显微适用于荧光显微术。该仪器适用于对活体细胞和组织、流质、沉淀物等进行显微研究，是生物学，细胞学，肿瘤学，遗传学，免疫学等研究工作的理想仪器。可供科研、高校、医疗、防疫和农牧等部门使用。倒置荧光显微镜是由倒置显微镜和落射荧光显微镜组成。仪器配有长工作距离平场消色差物镜、大视野目镜、双目观察，倒置显微镜还配有*长或*长工作距离聚光镜，同时配有相衬装置及长工作距离平场相衬物镜。
倒置荧光显微镜的功能之三是荧光观察，其基本原理是利用激发光激发样本产生荧光，从而实现样本的形状与定位观察，主要适用于荧光标记样本的观察。荧光观察是倒置荧光显微镜的重要功能，其配件贵且使用特殊。要想医学研究生正确地掌握荧光观察的操作使用规范，教师除了教会他们掌握基本的操作方法，同时更为重要的是教会他们掌握它的特殊性。在标本制作中，载玻片和盖玻片应表面光洁且厚度适宜（载玻片在0.8mm~1.2mm之间，盖玻片在0.17mm左右）；标本应厚度适宜，同时避免细胞重叠或杂质掩盖；封裱剂应使用甘油和碳酸盐缓冲液（0.5mol/L PH9.0～9.5）的等量混合液。其次，在荧光观察前，应关闭房间内的电灯和倒置荧光显微镜的白光，确保处于暗室环境。*后，在荧光观察中，应严格控制观察时间，一般以1~2小时/次为宜，否则荧光会出现衰减和消失的现象；调整光源时应佩戴防护眼镜，避免紫外线对眼镜的伤害。
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